Modeles de Markov Cach es : Application en Biologie

Abstract

Les mod eles de Markov cach es (CMC) du nom du math ematicien russe Andrey Andreye- vich Markov, qui a d evelopp e une grande partie de leur th eorie statistique .Les cha^ nes de Markov cach ees sont des mod eles statistiques permettant de capturer des informations cach ees a partir des symboles s equentiels observ es. Depuis les ann ees 80,les mod eles de Markov cach es ont et e utilis e pour r esoudre divers probl emes d'analyse de s equence biologiques notamment l'alignement de s equences , la pr ediction des g enes , la pr ediction de la structure des prot eines et bien d'autre. Dans ce m emoire , une s equence de nucl eotides d'ADN a et e mod elis ee par un mod ele de Markov cach e , cette s equence a et e consid er ee comme une suite ( emissions) g en er ee par l'un de deux etats cach es : AT-rich et GC-rich . L'ensemble des algorithmes de base de CMC ont et e appliqu ees pour l'estimation des probabilit es